Walaupun Pemerintah tidak memberikan izin berdirinya Universitas Bung Karno, pihak Yayasan Pendidikan Soekarno tetap berupaya sekuat tenaga untuk mendirikan Universitas Bung Karno, dengan membentuk kembali Panitia Persiapan Universitas Bung Karno pada tahun 1996 yang diperbaharui pada tahun 1998. Atas usaha Pengurus Yayasan Pendidikan Soekarno dibawah pimpinan Hj. Rachmawati Soekarnoputri, SH dan atas Ridho Tuhan Yang Maha Esa :Pada tanggal 12 Mei 1999, dalam pertemuan dengan Tim yang dipimpin oleh Ketua Umum Yayasan Pendidikan Soekarno, lbu Hj. Rachmawati Soekarnoputri, SH, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI menyatakan bahwa Pemerintah mengizinkan berdirinya Universitas Bung Karno dan menyetujui semua Ajaran Bung Karno diajarkan kepada mahasiswa.
- Pada tanggal 11 Juni 1999, Pemerintah mengizinkan berdirinya Universitas Bung Karno melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 101/D/0/1999.
- Pada tanggal 25 Juni 1999, Presiden RI B.J. Habibie berkenan meresmikan berdirinya Universitas Bung Karno di Istana Negara.
Pada tanggal 28 Juni 1999, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan meresmikan Kampus Universitas Bung Karno bertempat di Jalan Kimia No. 20 Jakarta Pusat. Universitas Bung Karno pada saat ini menempati 2 kampus milik Hj. Rachmawati Soekarnoputri, SH yang terletak di:
- Kampus Kimia, Jalan Kimia Nomor 20 Jakarta Pusat seluas 6.737 m2.
- Kampus Pegangsaan, Jalan Pegangsaan Timur Nomor 17 Jakarta Pusat seluas 1.927 m2.
Adapun rincian biaya kuliah Program Magister Universitas Bung Karno Tahun 2021/2022, sebagai berikut :
